Озеро Понихра обладает древним карстовым происхождением с последующей обработкой ложа водоема моренными ледниковыми отложениями. Питание озера атмосферное и родниковое. Сохранились родники в юго-восточной части данного водоема. Использование озера в качестве водоприемника в процессе осушений торфяных месторождений способствовало существенному изменению гидрологического режима озера, к его заливанию, что вызвало существенное уменьшение количества различных видов рыбы, полное исчезновение сомов, лещей и озерных полушников. Даже исчезла плотва. На сегодняшний день сток вод торфяных значительно сокращен, что способствует улучшению гидрологического режима. Появятся ли снова лещи и сомы в озере, покажет только лишь время. А вот озерные полушники, которые являются индикаторами чистоты воды, уже возвратились в водоем. Нужно также сказать, что в настоящее время в озере обитают ерши, лини, лещи, налимы, окуни, плотва, щуки и караси.
